我国自然资源的开发利用，经历了1949年前后两个不同的发展阶段，总的来说，是有所进展，成绩显著，既有成功的经验，也有失误的教训。为了求得今后开发利用的进一步优化，尤为重要的是，必须清醒地看到进一步开发利用所面临的挑战。这种挑战主要来自两个方面：
【人均资源占有量相对较小，且有继续下降趋势】
上面我们在对我国自然资源状况做出总体评价时，曾经明确指出，幅员辽阔的我国，又是世界上人口最多的国家，故而我国各项资源几乎无一例外地都具有绝对量大，人均占有的相对量小的突出特点，如水资源（淡水）、耕地、森林和草地资源等，虽然在所拥有的绝对量方面，都位居世界各国的前列（河川径流总量居世界第6位，耕地面积居世界第4位，林地面积居第8位，草地居第2位），但人均占有量水平（1989年），则分别只占世界平均水平的28.1％、32.3％、14.3％和32.3％，这说明我国所拥有的这些自然资源，其数量并非丰富，而是堪称贫乏的。还应指出，由于自然资源拥有量往往是个极少变动的常数，而人口却是处于经常变动中的可变数，即使是在坚持实行计划生育，严格控制人口增长的情况下，我国每年仍有绝对量1000多万人口的净增长；再加上开发利用自然资源中的某些不合理因素，这就势必使我国人均资源数量呈现继续下降的趋势。众所周知，拥有足够数量、质量的自然资源，是进行现代化经济建设经常必需的物质保证。我国一些重要资源人均占有量的较少，及其继续下降趋势的存在，无疑要对我国现代化经济建设稳定、持续的发展，构成不可忽视的严重挑战。
【自然资源日益短缺】
这是来自另一方面的对我国进行现代化经济建设的挑战。这种挑战之由来，一是由于我国人口的继续大量增长；二是因为经济结构的不尽合理，资源消耗量大的产业过量发展；三是在某些地区某些时期依然存在的对一些自然资源的掠夺式开发和不合理利用，致使造成对某些资源需求日益严重的过分依赖，从而导致一些资源日益严重的短缺。这尤其突出地表现在我国北方地区水资源普遍短缺，和全国性的耕地不足和退化上。据统计，全国缺水城市迄今已达300多个，日缺水量达1600万吨以上；缺水最严重的地区还是黄、淮、海、辽诸河流域，其缺水量要占全国缺水总量的64％。因为缺水，农业因灌溉水不足每年减产粮食250多万吨，工农业生产和居民生活因此都受到很大影响。所以，水资源短缺，乃是我国自然资源开发利用所面临诸多挑战中最重要的一个方面。
再就耕地而言，我国耕地负担人口的压力本来就大；而我国耕地后备资源数量又并不多，且多分布在交通不便、人口稀少的边远地区，开垦利用难度较大，一时还难以借此扩充耕地以缓解我国耕地日益严重的人口压力；另一方面，城乡经济发展中乱占耕地现象有增无减，最近几年全国每年因此减少耕地数十万公顷，农业用地和城市及工业用地需求矛盾日益突出，这更加剧了由耕地不足而引发的人地关系矛盾，这也是亟待采取有效对策加以妥善解决的一个问题。
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